Währen dem Genießen einer Mahlzeit erfolgt die Passage der Speisen durch den Oesophagus, Speiseröhre in den Magen. Dort wird dem Nahrungsbrei Magensaft beigefügt und das Ganze gelangt weiter in das Duodenum, Zwölffingerdarm, wo Verdauungsenzyme aus der Gallenproduktion der Leber und aus der Bauchspeicheldrüse hinzukommen. Anschließend erfolgt im Bereich des Dünndarms die Aufnahme der Nährstoffe und Kalorien. Der Dickdarm dient der Vorbereitung der Stuhlmasse zur Entleerung.
Nach einer Magen Bypassoperation wird lediglich ein kleiner Restmagen stehen gelassen. Zu Beginn wird der Übergang von Magen knapp nach Mageneingang mit dem Stapler durchtrennt. So wird der Magen Pouch gebildet, welcher initial meist nur einige Milliliter Volumen fasst. Der große Restmagen bleibt im Körper, ist aber nicht mehr an der Verdauung beteiligt.
Eine Dünndarmschlinge wird nun anschließend an den Magen Pouch hochgezogen und damit verbunden, was die sogenannte Anastomose bildet. Der Speisebrei gelangt nun über den Oesophagus in den Magen Pouch, direkt in den 1.5 Meter langen Dünndarm- Magenpouchverbindung, die Gastro- Jejunostomie. Der andere abgetrennte Teil wird mit dem Dünndarm wieder vereinigt, was die Fusspunktanastomose bildet. Über den Magen Pouch zur Fusspunktanastomose, den 1.5 Meter langen Darmabschnitt, gelangt nun die Nahrung ohne Verdauungssäfte und wird erst aber der Verbindungsstelle resorbiert. Das ergibt, nebst der Restriktion im Magen Pouch (Volumenverkleinerung) einen verringerten und verspäteten Verdauungsbeginn (Malabsoprtionsteil).