Beim distalen Roux Y Magenbypass wird der Magen nach Einmündung des Oesophagus durchtrennt und ein kleiner Magen Pouch gebildet. Anschließend wird eine neue Verbindung zwischen dem Magen und dem Dünndarm geformt. Die Dünndarm zu Dünndarmverbindung, welche dann die beiden Wege vereint (Biliopankreatischer und Alimentärer Schenkel), befindet sich etwas weiter distal als beim proximalen Magenbypass.
Bei dieser Variante der bariatrischen Operation sind meist noch engmaschigere Nachkontrollen notwendig. Diese Operation führt in den meisten Fällen zu starken Durchfällen (Diarrhoen) mit Stuhlfrequenzen von 3 bis 6 Stuhlgängen täglich und schweren Vitaminmangelzuständen (hierbei sind oft auch die fettlöslichen Vitamine mitbetroffen).
Auch kommt es oft zu Proteinmangelzuständen, welche streng kontrolliert und korrigiert werden müssen. Ein großer und täglicher Patienteneinsatz (Compliance) ist dabei Grundvoraussetzung. Der distale Magenbypass ist speziellen Patientensituationen vorbehalten und muss vorab im Detail besprochen werden.